Pada bulan Agustus 2006 Flick menjadi asisten pelatih Jürgen Löw di tim nasional Jerman setelah pengunduran diri Jürgen Klinsmann.
Löw dan Flick memimpin Jerman melalui fase pembangunan kembali dan kemudian ke final Kejuaraan Eropa pada tahun 2008.
Pada tahun 2010 Der Panzer mencapai semifinal Piala Dunia, dan puncaknya menjadi juara Piala Dunia pada tahun 2014 di Brasil.
Setelah sukses di turnamen tersebut, Flick mengundurkan diri sebagai asisten pelatih 'Mannschaft' dan mengambil pekerjaan sebagai direktur olahraga di Federasi Sepak Bola Jerman (DFB) sebelum kembali ke Hoffenheim pada tahun 2017 sebagai direktur olahraga.
Baca Juga: Jadi Pemain Terbaik Liga 1 2023/2024, Intip Profil Francisco Rivera
Pada musim panas 2019 Flick tiba di Bayern Munchen sebagai asisten Nico Kovac.
Klub Bavaria tersebut kemudian memecat pelatih Kroasia mereka setelah hanya berbulan-bulan menjabat dan Flick dipromosikan menjadi pelatih sementara tim utama, sebuah keputusan yang mengubah jalannya sejarah Bayern.
Setelah awal yang baik, CEO Bayern Karl-Heinz Rummenigge mengonfirmasi Flick memegang jabatan tersebut hingga akhir musim.
Baca Juga: Pengacara Top dan Politikus Golkar Terseret Kasus Pelat Palsu DPR RI, Siapa Dia?
Flick mencatatkan 22 kemenangan dalam 25 pertandingan pertamanya sebagai pelatih, melampaui angka Josep Guardiola yang mencatatkan 21 kemenangan dalam 25 pertandingan pertamanya.
Musim berakhir dengan klub Munich memenangkan treble bersejarah termasuk kekalahan menyakitkan 8-2 untuk Barca di Liga Champions di tangan tim Flick.
Pelatih asal Jerman itu dianugerahi penghargaan UEFA Coach of the Year.