Secara umum, tomat aman dikonsumsi setiap hari dan jarang menimbulkan efek samping. Namun, pada sebagian kecil orang yang memiliki sensitivitas terhadap serbuk rumput atau lateks, tomat bisa menimbulkan reaksi alergi berupa rasa gatal di mulut atau tenggorokan.
Meskipun demikian, bagi sebagian besar orang, tomat tetap menjadi pilihan makanan sehat yang bermanfaat untuk menunjang kesehatan tubuh secara menyeluruh.